A klinikai kutatások szponzorálása és szervezése terén a Klinikai Központ betegellátó egységei számos gyógyszergyártó céggel, klinikai kutatásokat szervező CRO céggel állnak kapcsolatban. A 2007. január óta működő Klinikai Kutatásokat Koordináló Központ Prof. Dr. Rovó László vezetése alatt összefogja és adatbázisban kezeli az egyes szervezeti egységekben folyó klinikai kutatásokkal kapcsolatos információkat. A Koordináló Központ 2008 óta tagja a HECRIN Bizottságnak, amely a francia központú ECRIN-(European Clinical Research Infrastructure Network) magyarországi tagja.

A klinikai gyógyszerkutatások segítségével a szegedi szakemberek az új gyógyszerek és gyógyszerkombinációk hatékonyságát, hatásmechanizmusát, mellékhatásait és azok módosítási lehetőségeit vizsgálják. A kutatás eredményei nagymértékben hozzájárulnak olyan farmakokinetikai és farmakogenetikai módszerek kidolgozásához, amelyek a biztonságosabb és hatékonyabb terápiák alkalmazását teszik lehetővé.

A Klinikai Központban Humán I-IV. fázisú vizsgálatokat végeznek. Az I. fázisú klinikai vizsgálatokra I. sz. Belgyógyászati Klinikán akkreditált kliniko-farmakológiai vizsgálóhely található. A Klinikai Központban az utóbbi években a fázis II és fázis III. vizsgálatok voltak a leggyakoribbak.

Az SZTE ÁOK klinikáin végzett gyógyszerkutatások hozzájárultak a legkorszerűbb gyógyszerek bevezetéséhez idegrendszeri, cardiovasculáris, autoimmun, fertőzéses és daganatos betegek kezelésére. A kutatások eredményeként számos új gyógyszer került törzskönyvezésre, köztük az infliximab, etanercept, adalimumab és ustekinumab autoimmun betegségek (psoriasis, rheumatoid arthitis, gyulladásos bélbetegségek) kezelésére. A kutatások nagymértékben segítették a tacrolimus és pimecrolimus hatékonyságának megállapítását atopias dermatitisben és az alitretinoin kifejlesztését a kézekzéma kezelésére. Onkológiai indikációkban végzett vizsgálatok új lehetőséget nyújtanak betegeinknek a daganatokkal vívott harcban.