A Prof. Dr. Fülöp Ferenc által vezetett Gyógyszerkémiai Intézet fő kutatási profilja a preparatív szerves- és gyógyszerkémia. A gyógyszerkémiai kutatómunka a modern kémiai hatóanyag felfedezés és -fejlesztés területeit öleli fel. Az intézet egyik alapkutatási tevékenysége, a foldamerkémia a legújabb trendeket követi. Az intézet kiterjedt kooperációs hálózattal rendelkezik mind az ipari, mind az akadémiai szférában, hazánkban és nemzetközi szinten egyaránt; jelenleg főként neuroprotektív, kardioprotektív és tumorellenes hatóanyagok fejlesztésében vesz részt.

Az intézet munkatársai az elmúlt években folytatott preparatív szerves kémiai kutatómunka során előállított vegyületekből egy nagy kémiai diverzitású kb. 4000-tagú vegyülettárat hoztak létre, amely főként 1,2- és 1,3-difunkciós vegyületek (aminosavak, aminoalkoholok, hidroxisavak, stb.) különféle származékait tartalmazza. A vegyülettár tagjainak szerkezetét és kb. 95%-os tisztaságát nagyműszeres vizsgálatok (NMR, MS) támasztják alá.

Az intézet 5 szintetikus szerves kémiai laboratóriuma (egyikükben enzimes reakciókat végeznek) kiválóan felszerelt preparatív kutatómunkához szükséges eszközökkel rendelkezik, szerkezet-vizsgálati és analitikai laboratóriuma pedig megfelelő nagyműszeres hátteret biztosít az előállított vegyületek szerkezet- és tisztaságvizsgálatához (400, 500 és 600 MHz NMR, GC-LC-HRMS, IR és UV spektrométerek, polariméter, GC és HPLC készülékek).