GC-MS rendszerekkel gáz- és folyadékelegyek pontos összetételét lehet meghatározni kvalitatívan és kvantitatívan egyaránt. Az összekapcsolt rendszer jobb a különálló GC és MS műszerekkel szemben, ugyanis mindkét módszer előnyét (elegy szétválasztása és pontos komponens-meghatározás) egyesíti, ám azok főbb hátrányaival nem rendelkezik (csak közvetett komponens-meghatározás és túl összetett tömegspektrum).