A módszer nagyon elterjedt a modern anyagtudományban, mivel nagyon érzékeny és segítségével kis molekulák is kimutathatóak. Sok különféle fluoreszcens festék létezik, melyekkel egy fluoreszcens molekularészt (fluorokróm) kapcsolnak a vizsgálta anyaghoz. Ilyen fluorokrómok például a fluoreszcein vagy a rodamin.